En los años 60 surgen simultáneamente cuatro congregaciones que son asumidas como labor Misionera por la Primera iglesia de Madrid (también conocida como la Iglesia de General Lacy) las cuales son la Iglesia de Villaverde, la Iglesia del Barrio del Pilar, La iglesia de Vallecas y la iglesia de Pueblo Nuevo. En Villaverde, los hermanos empiezan a reunirse en el salón de una peluquería de señoras. Gracias a la generosidad de una familia de General Lacy (ofrenda de 475.000 pecetas) y otras aportaciones, pudieron adquirir un propio templo en la calle Topacio, 2;
En el año 1.960, la Iglesia de General Lacy comienza unos cultos en un hogar de creyentes de en la calle de Herrería, 2 en San Blas. En el 1.968 se convierte oficialmente en punto de misión de la Primera Iglesia Bautista de Madrid.
En el año 1.961 se organiza la Iglesia Bautista de Emmanuel (Immanuel Baptist Church) con el propósito de arropar a creyentes de otros países especialmente a los americanos que trabajaban en la base aérea de Torrejón de Ardoz. Compraron un Chalé en Hernández de Tejanda, 4, donde construyeron su templo. Diferentes hermanos ocupan el ministerio pastoral: Calos Witten, James Watson, James Foster, Tony Anaya, José Este, T.W. Hunt, Daniel White, Mikel Hester, Timoteo Smith, J.L. Victor Coleman y en estos momentos David Dixon.
En el 1965 unos creyentes se reúnen en el taller de Bernardino Gil en la calle Dr. Sánchez, 37. Tres años después alquilan un local en la calle de Rogelio Folguera, 1 y con el respaldo de la iglesia de General Lacy, entre otras ayudas, se hacen las obras, adquiriendo un templo poco después en la calle San Virgilio, 2, (Vallecas) inaugurándose el 31 de marzo de 1.973. Han trabajado allí los pastores Juan Luís Rodrigo, Carlos Whitten, Julio Marañón, Raúl García, Daniel Verbanaz, Rafael Mateos y Pilar Ladra (primera pastora en la comunidad Bautista de Madrid) y nuevamente retorna el pastor Raul Garcia G.
En 1.967 empiezan las obras del nuevo templo que es el actual de la Iglesia Evangélica Bautista El Buen Pastor, en la Plaza Getafe, 1 (Bº Prosperidad). Los pastores que se dedicarían a la pastorado de esta iglesia y que marcarían también una estabilidad y desarrollo en las misma serían: José Núñez, José Borrás (interino), Roberto Crider (interino), Julio Díaz Piñeiro, Juan Manuel Quero y en la actualidad Andrés Bitar.
En 1.968 la Iglesia de Villaverde y bajo el pastorado de Máximo García tuvo la visión de iniciar una nueva obra en Getafe. El reto no se plasmó hasta 1.969.
Por la misma época un grupo de creyentes deciden reunirse en el Paseo de la Castellana, 286, y después de un tiempo cogen un local en la calle de Ribadavia, 38 en el Barrio del Pilar.